* CGI: Većina 3D okruženja, likova i specijalnih efekata stvorena je kombinacijom softvera. Neki od najistaknutijih uključuju:
* Maya: Općenito smatrana industrijskim standardom za 3D animaciju i modeliranje, Maya je vjerojatno odigrala značajnu ulogu u stvaranju zamršenih okruženja i likova u filmu.
* Softimage: Još jedan moćan softver za 3D animaciju, Softimage, korišten je zbog svojih robusnih alata za animaciju likova i mogućnosti postavljanja.
* ZBrush: Poznat po svojim mogućnostima digitalnog kiparstva, ZBrush je vjerojatno korišten za kiparstvo i detalje modela likova visoke razlučivosti.
* Tradicionalna animacija: Film je također integrirao elemente tradicionalne animacije, posebno za sekvence u kojima se želio ekspresivniji i ručno crtani stil. Ovo je vjerojatno uključivalo softver poput:
* Toon Boom Harmony: Popularni softver za 2D animaciju koji omogućuje spoj tradicionalnih i digitalnih tehnika animacije.
Važno je napomenuti sljedeće: Specifični softver korišten za "Alisu u zemlji čudesa" nije eksplicitno opisan u špici produkcije. Ove se informacije općenito smatraju vlasništvom studija i filmaša.
Međutim, s obzirom na popularnost i mogućnosti softvera unutar VFX industrije, razumna je pretpostavka da su spomenuti alati odigrali značajnu ulogu u oživljavanju fantastičnog svijeta filma.