Johann Pachelbel rođen je 1. rujna 1653. u Nürnbergu. O njegovom djetinjstvu i obrazovanju ne zna se mnogo, osim da je studirao glazbu kod skladatelja Heinricha Schwemmera, kapellmeistera u školi St. Sebaldus. Godine 1673. upisao je studij teologije na Sveučilištu u Altdorfu, ali je sljedeće godine prihvatio svoj prvi posao, kao orguljaš katedrale Svetog Stjepana u svom rodnom gradu.
Kad je Schwemmer umro 1692., Pachelbelov ugled kao glazbenika bio je čvrsto uspostavljen i on je preuzeo mjesto svog bivšeg učitelja kao kapellmeistera u St. Sebaldusu, a također je bio zadužen za obuku zboraša iz susjedne škole. Tri godine kasnije objavio je prvi od osam svezaka sakralnih zborskih djela, Musikalische Sterbens-Gedancken, koja su bila jedina tiskana glazba za njegova života. Također je te godine Pachelbel oženio Barbaru Gabler, kćer nirnberškog trgovca vinom Christopha Gablera.
Godine 1695., samo nekoliko mjeseci nakon što je prvi put postao otac, Pachelbel je iznenada otpušten iz St. Sebaldusa i napustio je Nürnberg. Nema podataka o razlozima njegove nagle smjene, no za Pachelbela je to bilo traumatično iskustvo jer se do kraja karijere nikada nije smjestio na stalno mjesto.
Nakon nekoliko zaustavljanja, Pachelbelov se život stabilizirao 1699., kada je dobio prestižno mjesto orguljaša i učitelja u Predigerkirche (Crkvi propovjednika) u Erfurtu, gdje je trebao ostati sljedećih jedanaest godina. Tamo je ne samo ispunjavao dužnosti svoje dužnosti, već je i aktivno sudjelovao u organiziranju i izvođenju svjetovne glazbe.
Godine 1703. Pachelbelova žena Barbara rodila je posljednjeg i najvećeg od njihovo sedmero djece, Wilhelma Hieronymusa, koji je slijedio očeve glazbene stope i postao eminentni orguljaš i skladatelj. Kad je vojvoda od Saxe-Eisenacha umro 1707., Pachelbel je zamoljen da sklada memorijalnu kantatu za tu prigodu, koja je prvi put izvedena 15. kolovoza 1707.
Godine 1704. Pachelbelova žena iznenada je umrla, ostavljajući ga sa sedmero male djece o kojoj se morao brinuti. Pachelbelova karijera dosegla je vrhunac tijekom 1700-ih, međutim do 1705. njegov je život uzeo neočekivani i nesretni obrat kada je njegova kći Catharina Barbara rodila izvanbračnog sina. Catharina Barbara bila je prisiljena napustiti dom i postala je sluškinja u kućanstvu vojvode od Saxe-Eisenacha. Unatoč tom incidentu, Pachelbel je ostao u dobrim odnosima s vojvodom, koji mu je dodijelio godišnju mirovinu koja je nadopunjavala prihode orguljaša.
Nekoliko godina kasnije Pachelbel je prihvatio novi položaj orguljaša u crkvi svetog Mihovila u Hamburgu. Tek što je stupio na svoje nove dužnosti, umro je od moždanog udara u ožujku 1706., u dobi od pedeset dvije godine, nekoliko dana prije svoje prve godišnjice orguljaša u crkvi sv. Mihaela.
Danas je Johann Pachelbel uglavnom poznat po svojim orguljaškim djelima, posebice koralnom preludiju na “Vom Himmel hoch da komm ich her” i Chaconne u f-molu, te po Canonu i Gigueu u D-duru za tri violine i continuo. Također je bio istaknuti skladatelj sakralnih i svjetovnih vokalnih djela, uključujući preko 200 sakralnih koncerata, brojne mise i motete.