Međutim, doživio je nekoliko iskustava bliskih smrti i bio je ubijen u alternativnim vremenskim linijama i pričama :
* Saga o klonovima (1994.-1996.): U ovoj zloglasnoj priči Spider-Man je naizgled umro i zamijenjen klonom, iako se na kraju pokazalo da je to bila obmana.
* "Još jedan dan" (2007.): U ovoj priči, Spider-Man sklapa dogovor s Mephistom kako bi spasio život tete May, ali po cijenu da njegov brak s Mary Jane Watson izbriše iz postojanja.
* "Smrt Spider-Mana" (2004.): Ovo je bio zaseban kontinuitet, izvan glavnog Marvelovog svemira, gdje je Spider-Mana ubio Green Goblin.
* "Spider-Man:Reign" (2007): Ova buduća vremenska linija vidjela je kako stariji, iscrpljeni Spider-Man umire nakon posljednje bitke sa Zelenim Goblinom.
Važno je napomenuti da su ovo specifični slučajevi i da se ne odnose na glavni Marvelov svemir. Iako se Spider-Man suočio s mnogim izazovima i tragedijama, on je i dalje legendarni heroj u Marvelovom svemiru.