Morrisonova smrt dogodila se u Parizu, u Francuskoj, gdje je živio sa svojom partnericom Pamelom Courson. 2. srpnja 1971. Courson je Morrisona pronašao bez svijesti u kadi njegova stana. Pozvala je pomoć, a Morrison je hitno prevezen u bolnicu, gdje je po dolasku proglašen mrtvim.
Točne okolnosti koje su dovele do Morrisonove smrti nikada nisu u potpunosti razjašnjene. Neki izvori tvrde da je umro od predoziranja drogom, dok drugi sugeriraju da je možda pretrpio srčani udar ili kombinaciju čimbenika. Autopsijski izvještaj pokazao je da je Morrison prije smrti konzumirao veliku količinu alkohola i heroina.
Teorije o Morrisonovoj smrti nastavljaju kružiti sve do danas, a ona ostaje jedna od najdugotrajnijih misterija u povijesti rock glazbe. Morrisonova prerana smrt u tako mladoj dobi pridonijela je njegovom statusu ikone i učinila ga simbolom ekscesa i tragedija koje često prate svijet rock and rolla.