Ovaj album mnogi smatraju najvećim opusom Flaming Lipsa. To je konceptualni album koji govori o robotu po imenu Yoshimi koji se bori protiv opake vanzemaljske rase. Album je prepun eksperimentalnih zvukova i psihodeličnih efekata, a sadrži neke od najpoznatijih pjesama benda, poput "Do You Realize??" i "Yoshimi se bori protiv ružičastih robota, dio 1".
* The Soft Bulletin (1999)
Ovaj album je još jedan klasik Flaming Lipsa. To je eksperimentalniji i psihodeličniji album od Yoshimi Battles the Pink Robots, a sadrži neke od najljepših i najjezivijih pjesama benda, kao što su "Race for the Prize" i "Waitin' for a Superman".
* Embrionalni (2009)
Ovaj album povratak je eksperimentalnijim korijenima Flaming Lipsa. To je bučan, kaotičan i psihodelični album pun iznenađenja. Nije za svakoga, ali je obavezna za poslušanje ljubitelja eksperimentalne glazbe.
* U ratu s misticima (2006)
Ovaj je album više politički i društveno osviješten od prethodnih izdanja Flaming Lipsa. Sadrži pjesme o ratu, siromaštvu i uništavanju okoliša. To je snažan i dirljiv album koji će zasigurno ostaviti trajan dojam.
* Američka glava (2006)
Ovaj album je izravniji rock album od prethodnih izdanja Flaming Lipsa. Sadrži neke od najzanimljivijih i himničnih pjesama benda, poput "The W.A.N.D." i "Koga voliš?".