Brunov otac je unaprijeđen u zapovjednika Auschwitza, a obitelj se seli u koncentracijski logor. Bruno je zbunjen i uznemiren promjenama u svom životu. Nije mu jasno zašto mora ostaviti svoje prijatelje i dom, a ne razumije ni što se događa ljudima u koncentracijskom logoru.
Bruno upoznaje Shmuela.
Jednog dana, Bruno istražuje teren koncentracijskog logora kada ugleda dječaka s druge strane ograde. Dječak nosi prugastu pidžamu i izgleda vrlo tužno. Bruno počinje razgovarati s dječakom i oni postaju prijatelji. Shmuel priča Brunu o svom životu u koncentracijskom logoru, a Bruno počinje shvaćati užase onoga što se događa.
Bruno se ušulja u koncentracijski logor.
Jednog dana, Bruno se odluči ušuljati u koncentracijski logor kako bi posjetio Shmuela. Oblači prugastu pidžamu i šulja se kroz ogradu. Bruno pronalazi Shmuela i zajedno provode dan. Igraju se, razgovaraju i smiju se. Bruno shvaća da čak iu najmračnijim vremenima još uvijek postoji nada.
Bruno i Shmuel su ubijeni.
Sljedeći dan Brunu i Shmuela uhvate nacisti. Odvode ih u sobu i daju im smrtonosnu injekciju. Bruno i Shmuel umiru zajedno, a njihova tijela spaljuju u krematoriju.
Dječak u prugastoj pidžami snažna je i dirljiva priča o holokaustu. Priča je to o prijateljstvu, nevinosti i snazi nade.