2. Stacionarna faza :U gel elektroforezi stacionarna faza je gel (agaroza ili poliakrilamid), dok je u papirnoj kromatografiji stacionarna faza list upijajućeg papira.
3. Razdvajanje tvari :Razlika u brzinama kretanja kroz stacionarne faze razdvaja tvari u obje tehnike.
4. Vizualizacija :Nakon odvajanja, tvari se vizualiziraju korištenjem odgovarajućih metoda bojenja ili detekcije.