1. Dialga će osloboditi Vremenske zupčanike koje je apsorbirao, vraćajući tijek vremena u normalu.
2. Igrač i njegov partner će se vratiti u Treasure Town.
3. Dialga će se pojaviti i objasniti igraču i njegovom partneru da su njegovi postupci bili nužni kako bi se spriječila veća katastrofa. On otkriva da sila poznata kao "tamna tvar" manipulira vremenom i uzrokuje razne distorzije i kvarove u svijetu.
4. Dialga zadužuje igrača i njegovog partnera da zaustave Dark Matter.
5. Nakon ovog razgovora, priča će se nastaviti s igračem i njihovim partnerom koji istražuju tamnice, bore se protiv Pokemona i regrutiraju nove članove tima dok rade na otkrivanju istine koja stoji iza Dark Matter-a i zaustavljanju njegovih opakih planova.