Postoje dvije glavne komore:
* Odaja sjena: Ovdje se prvi put susrećete sa Shadow Pokémonom. Morate se boriti protiv njih da biste ih pročistili.
* Odaja tame: Ovo je posljednja komora u kojoj se suočavate s posljednjim šefom, vođom Shadow Pokémona. Dostupan je nakon dovršetka određenih zadataka i pročišćavanja nekoliko Shadow Pokémona.
Točna lokacija unutar objekta Shadow Pokémon nije navedena u igri, ali se obično nalazi dublje unutar objekta nakon što napredujete kroz priču.