Jedna od najočitijih značajki predstave koja postavlja pitanja o vjerskoj toleranciji je portret Shylocka, židovskog lihvara. Shylock je prikazan kao okrutan i pohlepan čovjek koji je opsjednut novcem i traži osvetu Antoniju, kršćanskom trgovcu koji mu je nanio nepravdu. On utjelovljuje mnoge negativne stereotipe koji su prevladavali o Židovima u Shakespeareovo vrijeme, a njegov se lik često tumačio kao antisemit.
S druge strane, postoje trenuci u predstavi koji dovode u pitanje te stereotipe i problematiziraju ideju vjerskih predrasuda. Na primjer, sam Antonio bori se s vlastitim predrasudama prema Židovima, a njegov odnos prema Shylocku pokazuje mješavinu prezira i suosjećanja. Portia, junakinja predstave, raspravlja o važnosti milosrđa i oprosta, te na kraju nagovori Shylocka da pokaže milost Antoniju. Ovu su scenu mnogi kritičari protumačili kao poziv na toleranciju i razumijevanje.
Još jedno gledište o stavu predstave o vjerskoj toleranciji je da ona jednostavno odražava društvenu i kulturnu stvarnost Shakespeareova vremena. Antisemitizam je bio duboko ukorijenjen u kršćanskom društvu Europe i Shakespeareu bi bilo teško predstaviti tolerantnije gledište bez opasnosti od cenzure ili otuđenja publike. Stoga bi se drama mogla promatrati kao proizvod svog vremena, a ne kao odraz Shakespeareovih vlastitih uvjerenja.
Sve u svemu, Mletački trgovac složena je i nijansirana predstava koja nudi višestruke perspektive vjerske tolerancije i predrasuda. Iako sadrži neke antisemitske elemente, također predstavlja trenutke suosjećanja i razumijevanja koji kompliciraju naše čitanje poruke predstave. U konačnici, predstava poziva publiku da razmotri složenost vjerskih razlika i da kritički preispita vlastite predrasude.