Evo nekih od ključnih otkrića i doprinosa Émilea Rouxa:
1. Toksin difterije :Roux je zajedno s Alexandreom Yersinom otkrio da je bakterija Corynebacterium diphtheriae proizvodi toksin koji je odgovoran za simptome difterije. Ovo otkriće je bio značajan pomak u razumijevanju patogeneze bolesti.
2. Antitoksin protiv difterije :Roux i njegov kolega Pierre Paul Émile Roux dodatno su pokazali da se konji mogu imunizirati protiv difterije ubrizgavanjem toksina. Utvrđeno je da serum imuniziranih konja sadrži antitijela koja mogu neutralizirati toksin i zaštititi od infekcije difterijom. To je dovelo do razvoja antitoksina protiv difterije, revolucionarnog tretmana za difteriju koji je značajno smanjio stopu smrtnosti od ove bolesti.
3. Pasterizacija :Roux je blisko surađivao s Louisom Pasteurom, koji je poznat po svom pionirskom radu na pasterizaciji. Roux je dao važan doprinos praktičnoj primjeni pasterizacije, pokazujući njenu učinkovitost u očuvanju hrane i sprječavanju prijenosa bolesti putem mlijeka.
4. Roux-Chamberlandov filtar :Roux je zajedno sa svojim kolegom Charlesom Chamberlandom razvio Roux-Chamberland filter, vrstu keramičkog filtera koji se koristi za uklanjanje bakterija i drugih mikroorganizama iz tekućina. Ovaj je filter odigrao ključnu ulogu u mikrobiološkim tehnikama, omogućujući odvajanje mikroorganizama za proučavanje i pročišćavanje.
5. Institut Pasteur :Roux je imao utjecajnu ulogu u osnivanju i razvoju Instituta Pasteur, renomirane istraživačke ustanove u Parizu. Bio je direktor instituta od 1895. do umirovljenja 1933. Pod njegovim vodstvom Pasteurov institut postao je vodeći centar za mikrobiologiju, imunologiju i druga biomedicinska istraživanja.
Rouxova otkrića i doprinosi uvelike su unaprijedili područje mikrobiologije i imali su dubok utjecaj na prevenciju i liječenje zaraznih bolesti. Zapamćen je kao pionir u bakteriologiji i imunologiji, a njegov rad i dalje utječe na medicinska istraživanja i praksu.