Clarendonski ustavi: Henrik II je 1164. godine izdao niz zakona poznatih kao Clarendonski ustavi. Ti su zakoni nastojali ograničiti moć i povlastice Crkve u Engleskoj, posebno u pogledu imenovanja biskupa i jurisdikcije nad svećenstvom optuženim za zločine. Becket se, kao nadbiskup Canterburyja, protivio konstitucijama kao povredi autonomije Crkve.
Crkveni imunitet: Henrik II je želio uspostaviti svoju kontrolu nad svećenstvom i dovesti ga pod jurisdikciju kraljevskih sudova. Becket je, s druge strane, vjerovao da bi kler trebao biti podložan samo crkvenim sudovima, zalažući se za pravo Crkve da sama upravlja svojim poslovima.
Imenovanje biskupa: Henrik II je želio imati utjecaja na imenovanje biskupa, osiguravajući da su mu lojalni i podržavaju njegovu politiku. Becket je inzistirao da bi se izbor biskupa trebao temeljiti isključivo na vjerskim zaslugama, bez uplitanja kralja.
Sukob oko nadležnosti: Sukob je eskalirao kada je činovnik po imenu Philip de Brois optužen za zločin i potraživali su ga i kraljevski sudovi i crkveni sud. Becket je odbio predati činovnika kraljevskim sudovima, tvrdeći da je time prekršio jurisdikciju Crkve.
Neslaganje između Henrika II. i Becketa simboliziralo je širu borbu između monarhije i Crkve oko kontrole i autoriteta. Sukob je kulminirao atentatom na Thomasa Becketa u katedrali u Canterburyju 1170. godine od strane vitezova odanih Henriku II. Ubojstvo Becketa dovelo je do značajne reakcije i na kraju rezultiralo ustupcima Henrika II. i ponovnom potvrđivanjem privilegija i neovisnosti Crkve.