1. Sukob s vanjskim svijetom: Santiago se tijekom svog putovanja suočava s raznim vanjskim preprekama. To uključuje:
* Opasnosti pustinje: Susreće se s lopovima, teškim vremenom i stalnom prijetnjom dehidracije i gladi.
* Kulturološke razlike i predrasude: Suočava se sa sumnjom i nepovjerenjem ljudi različitih kultura i podrijetla, osobito u pustinji.
* Izazov prevladavanja vlastitih strahova i nesigurnosti: To uključuje njegov strah od gubitka svega, njegove sumnje u vlastite sposobnosti i pritisak društvenih očekivanja.
2. Sukob sa svojom nutrinom: Santiago doživljava značajnu unutarnju borbu tijekom svog putovanja, boreći se s:
* Njegove sumnje i strahovi: Preispituje vlastite sposobnosti i valjanost svog sna, često prepuštajući se strahu i odgađanju.
* Iskušenje udobnosti i sigurnosti: U iskušenju je da napusti svoje putovanje i vrati se svom poznatom životu, žrtvujući svoj san za udoban život.
* Borba da održi svoju vjeru: Santiago se mora neprestano podsjećati na svoju vjeru u Osobnu legendu i nadvladati skepticizam i negativnost koja proizlazi iz njegova vlastitog unutarnjeg glasa i svijeta oko njega.
Ovi sukobi, vanjski i unutarnji, isprepliću se i pridonose ukupnoj temi knjige, a to je važnost slijeđenja vlastitih snova i prihvaćanja putovanja samospoznaje.