Točan uzrok njegove smrti nije poznat, ali vjeruje se da je bio srčani udar Zbog teških uvjeta izdržao je. Pronađen je mrtav u blizini svog šatora, a tijelo mu je pokopano pod snijegom.
Važno je napomenuti da Wegenerova teorija kontinentalnog drifta, koju je predložio 1912. godine, nije široko prihvaćena tijekom svog života. Umro je relativno nepoznati znanstvenik, ali njegova se revolucionarna teorija na kraju pokazala ispravnom i sada se smatra jednom od najvažnijih ličnosti u povijesti geologije.