Vrhunac: X-Men, zajedno sa svojim saveznicima, suočavaju se sa Sebastianom Shawom i njegovim timom zlikovaca mutanata u konačnom obračunu na nuklearnoj podmornici. Erik Lehnsherr (Magneto) isprva traži osvetu za zločine počinjene nad mutantima, prijeteći da će upotrijebiti nuklearne projektile podmornice da uništi svijet.
Prekretnica: Charles Xavier (Profesor X) intervenira, pozivajući se na Erikovu ljudskost i podsjećajući ga da je njihov pravi cilj zaštititi mutante, a ne uništiti čovječanstvo. Ovaj trenutak povezanosti između dva prijatelja preokreće tok bitke.
Pobjeda: X-Men, uz pomoć Moire MacTaggert, uspijevaju razoružati projektile i poraziti Shawa i njegov tim.
Gorko-slatki kraj: Iako su osigurali privremenu pobjedu, film završava melankoličnom notom:
* Erikova izdaja: Erik, unatoč tome što su ga pokolebale Charlesove riječi, i dalje se osjeća duboko povrijeđenim progonom mutanata i odlazi kako bi započeo vlastiti put, sugerirajući potencijalni budući sukob s Charlesom i X-Menima.
* Charlesova krivnja: Charles je slomljenog srca zbog Erikovog odlaska i nosi teret vlastite krivnje zbog tragedije kubanske raketne krize, koju je nesvjesno pomogao izbjeći, ali po cijenu tisuća života.
* Počinje nova era: Film završava formiranjem X-Mena kao tima posvećenog zaštiti i ljudi i mutanata, ali s osjećajem neizvjesnosti o budućnosti i potencijalnoj prijetnji koju predstavlja rastuća ogorčenost Erika Lehnshera.
Završetak ostavlja dugotrajno pitanje: Hoće li Erik i Charles ostati na suprotstavljenim stranama ili će pronaći način da premoste svoje razlike? Ovo pitanje postavlja pozornicu za budućnost franšize X-Men.