Njegova smrt bila je posljedica strijeljanja , po nalogu boljševičke vlade. Službeni uzrok smrti naveden je kao "pogubljenje strijeljanjem", iako postoje proturječni prikazi i teorije o konkretnim okolnostima. Neki izvještaji upućuju na to da je obitelj upucana iz neposredne blizine, dok drugi tvrde da su prvo upucani, a zatim dokrajčeni bajunetama.
Važno je napomenuti da su okolnosti vezane uz pogubljenje obitelji Romanov još uvijek predmet rasprava i osporavanja. Neki povjesničari tvrde da je pogubljenje bilo nužan čin za sprječavanje kontrarevolucije, dok ga drugi vide kao brutalno i neopravdano ubojstvo. Bez obzira na tumačenje, pogubljenje cara i njegove obitelji ostaje značajan povijesni događaj koji se i dalje proučava i raspravlja.