* Cikloni: Sydney se nalazi u području sklonom ciklonima, a Opera House je izložena jakim vjetrovima i olujnim udarima. Godine 1974. ciklon Tracy prouzročio je veliku štetu Operi, uključujući i uništenje krova.
* Potresi: Sydney se također nalazi u zoni potresa, a Opera House je osjetljiva na seizmičku aktivnost. Godine 1989. potres magnitude 5,6 izazvao je manju štetu na Operi.
* Poplave: Opera House nalazi se na Bennelong Pointu, poluotoku koji je okružen vodom. U obilnim kišama Opera može biti poplavljena, što može uzrokovati štetu na konstrukciji i sadržaju.
* Požari: Zgrada Opere izgrađena je od lako zapaljivih materijala, poput drveta i stakla. U požaru bi zgrada Opere mogla biti potpuno uništena.
Ljudske prijetnje
* Vandalizam: Opera je popularna turistička destinacija i osjetljiva je na vandalizam. Posljednjih godina bilo je nekoliko incidenata vandalizma u Operi, uključujući grafite i razbijene prozore.
* Terorizam: Opera je simbol australske kulture i potencijalna je meta terorizma. Godine 2002. opera u Sydneyu bila je meta terorističkog napada, no napad je bio neuspješan.
Druge prijetnje
* Klimatske promjene: Klimatske promjene uzrokuju porast razine mora, što bi moglo ugroziti Operu. U budućnosti bi zgrada Opere mogla biti češće i jače poplavljena, što bi moglo uzrokovati štetu na konstrukciji i sadržaju.
* Zagađenje: Opera se nalazi u jako zagađenom području, a onečišćenje zraka može oštetiti strukturu i sadržaj.
* Istrošenost: Zgrada Opere popularno je turističko odredište, a stalni pješački promet može uzrokovati habanje strukture i sadržaja.
Opera u Sydneyu jedinstvena je i kultna zgrada i važno ju je zaštititi od prijetnji. Australska vlada i Sydney Opera House Trust proveli su brojne sigurnosne mjere kako bi zaštitili Operu, no važno je ostati na oprezu i nastaviti pratiti prijetnje ovoj kultnoj zgradi.