1. Vanjski sukob:
* Bitka protiv Voldemorta: Ovo je sveobuhvatni sukob koji pokreće cijelu priču. Harry i Dumbledore rade na tome da otkriju Voldemortove planove i oslabe ga, dok Voldemort i njegovi smrtonoše pokušavaju steći moć i pronaći horkrukse.
2. Unutarnji sukobi:
* Harryjeve unutarnje borbe: Pokušava se nositi s težinom Voldemortovog proročanstva i pritiscima svoje sudbine. Također se bori sa svojom tugom zbog Siriusove smrti i svojim osjećajima prema Ginny.
* Dumbledoreove unutarnje borbe: Nosi se s boli gubitka sestre, teretom svojih tajni i spoznajom vlastite nadolazeće smrti. Također se bori pronaći način da porazi Voldemorta, a da ne ugrozi svoje ideale.
* Snapeove unutarnje borbe: Njegova je odanost rastrzana između Dumbledorea i Voldemorta. Njegova ljubav prema Lily Potter potiče njegovu želju da zaštiti Harryja, dok njegova prošla odanost Voldemortu stvara unutarnji sukob.
* Unutarnji sukobi smrtonoša: Postoje sukobi među smrtonošama, posebno između Luciusa Malfoya i Bellatrix Lestrange, koji se oboje bore za moć i Voldemortovu naklonost.
3. Osobni sukobi:
* Harryjev odnos s Ronom i Hermionom: Njihovo je prijateljstvo napeto ljubomorom i nepovjerenjem, osobito nakon što Ron postane ljubomoran na Harryjevu vezu s Ginny.
* Veza Harryja i Ginny: Susreću se s izazovima dok upravljaju svojim osjećajima jedno prema drugome i opasnostima koje ih okružuju.
* Odnos Dumbledorea i Snapea: Njihov složeni odnos prepun je napetosti i tajni, a kulminira u potresnoj i srceparajućoj sceni.
Ovo su samo neki od glavnih sukoba unutar "Harryja Pottera i Princa miješane krvi". Knjiga je bogata slojevima napetosti, što je čini uvjerljivim za čitanje sa stalnim osjećajem hitnosti.