Komora za mučenje nalazila se u podrumu tornja i sastojala se od niza malih, tamnih ćelija. Svaka je ćelija bila opremljena raznim spravama za mučenje, uključujući nosače, bičeve i vijke. Zatvorenici su često bili skidani goli i podvrgavani satima mučenja u pokušaju da se iznude priznanja ili informacije o njihovim vjerskim uvjerenjima.
Neke od najčešćih metoda mučenja korištenih u Torre de la Inquisición uključuju:
- Stalak: Zatvorenika su vezali za drveni okvir i rastezali dok im se zglobovi nisu iščašili.
- Bič: Zatvorenika su bičevali bičem od kože ili metalnih šipki.
- Vijci: Zatvorenikovi su palčevi bili zgnječeni između dva metalna vijka.
- Liječenje vodom: Zatvorenici su bili prisiljeni piti velike količine vode dok nisu povraćali ili se utopili.
- Vatra: Zatvorenika su spaljivali užarenim ugljenom ili bakljama.
Torre de la Inquisición bilo je brutalno i zastrašujuće mjesto, a mnogi zatvorenici koji su tamo bili mučeni umrli su od zadobivenih ozljeda. Komora za mučenje naposljetku je zatvorena u 18. stoljeću, ali ostaje jeziv podsjetnik na mračnu povijest španjolske inkvizicije.