Fagot je drveni puhački instrument s dvostrukom trskom, dok je flauta drveni puhački instrument koji se svira puhanjem zraka kroz otvor. Embouchure (položaj usana) i zračni tok potrebni za sviranje fagota prilično su različiti od onih potrebnih za sviranje flaute, tako da učenje sviranja fagota neće biti nimalo lakše za nekoga tko je već naučio svirati flautu. Zapravo, može biti čak i teže, budući da se fagot općenito smatra instrumentom koji je zahtjevniji za učenje od flaute.