* Opasnosti oholosti: Pokušaj braće Elric da koriste alkemiju kako bi oživjeli svoju majku dovodi do njihovog vlastitog sakaćenja, ističući potencijalne opasnosti neobuzdane ambicije i traženja znanja bez razumijevanja njegovih punih implikacija.
* Potraga za istinom: Serija istražuje prirodu istine i kako se ona može iskriviti ili manipulirati, posebno u kontekstu vojske i programa State Alchemist.
* Važnost ljudske povezanosti i empatije: Serija naglašava vrijednost ljudskih odnosa i kako oni mogu pomoći pojedincima da se snađu u složenosti vlastitih iskustava. To je vidljivo u snažnim vezama između braće Elric, kao i u različitim odnosima koje su stvorili tijekom svog putovanja.
* Etičke implikacije znanstvenog napretka: Fullmetal Alchemist bori se s etičkim dilemama koje postavljaju moćne tehnologije, poput alkemije, i potencijal zlouporabe. Potiče publiku da razmotri odgovornost koja dolazi sa znanjem i njegovom primjenom.
U konačnici, serija sugerira da, iako je potraga za znanjem vrijedna, ona mora biti uravnotežena s mudrošću, empatijom i dubokim razumijevanjem njegovog potencijalnog utjecaja na svijet i one oko nas.