1. Vitez zapovjednik Reda talijanske krune :Godine 1889. talijanski kralj Umberto I. počastio je Flaglera titulom viteza zapovjednika Reda talijanske krune. Ova prestižna nagrada dodijeljena mu je kao priznanje za njegov doprinos razvoju turizma na Floridi.
2. Legija časti :Godine 1904. Flagler je odlikovan Legijom časti, što je najviše odlikovanje koje dodjeljuje francuska vlada. Ova je čast dodijeljena Flagleru za njegova postignuća u hotelskoj industriji i doprinos razvoju Francuske rivijere.
3. Rooseveltova medalja :Godine 1915. Flagler je primio Rooseveltovu medalju od Nacionalne građanske federacije, prestižne organizacije posvećene promicanju društvenih i ekonomskih reformi. Medalja je dodijeljena kao priznanje Flaglerovoj viziji, vodstvu i filantropiji.
4. Počasne diplome :Flagleru je također priznalo nekoliko obrazovnih institucija za njegova postignuća. Dobio je počasne diplome Sveučilišta Stetson, Rollins Collegea i Sveučilišta Florida, među ostalima. Ove diplome odaju priznanje njegovom doprinosu obrazovanju i njegovoj predanosti napretku znanja.
5. Građanske i društvene počasti :Uz ove službene nagrade, Flaglera su tijekom njegova života također odlikovale razne građanske i društvene organizacije. Dobio je brojne plakete, certifikate i rezolucije kojima se prepoznaje njegov doprinos rastu i razvoju raznih regija na Floridi.
Ove nagrade i počasti odražavaju visoko poštovanje koje je Flagler uživao tijekom svog života. Bio je naširoko poznat po svom vizionarskom duhu, predanosti izgradnji floridske turističke industrije i filantropskim nastojanjima koja su ostavila trajan utjecaj na državu.