Španjolska armada bila je ogromna flota brodova koju je 1588. godine španjolski kralj Filip II poslao u invaziju na Englesku. Drake je bio jedan od zapovjednika engleske flote koja je porazila Armadu.
2. Portugalska mornarica
Portugalska mornarica bila je još jedna velika prijetnja Drakeovim ekspedicijama. Portugal je u to vrijeme bio moćna pomorska sila, a njegova mornarica bila je dobro opremljena i uvježbana. Drake je imao nekoliko susreta s portugalskom mornaricom, i često je bio brojčano nadjačan i naoružan.
3. Indijanci
Drake se također morao boriti s američkim domorocima koji su živjeli u područjima koja je istraživao. Indijanci su često bili neprijateljski raspoloženi prema Englezima i ponekad su napadali Drakeove brodove.
4. Vrijeme
Drake se također morao nositi s vremenom. More oko Južne Amerike zna biti vrlo nemirno, a Drakeove brodove često su zahvaćale oluje.
5. Bolest
Bolest je bila stalna prijetnja Drakeu i njegovoj posadi. Mnoge bolesti koje su bile uobičajene u tropima bile su kobne, a Drake je zbog bolesti izgubio mnogo ljudi.
6. Pobuna
Godine 1578. Drakeova se posada pobunila protiv njega. Pobunu je predvodio Thomas Doughty, koji je bio Drakeov zamjenik. Doughty je na kraju pogubljen, a pobuna je ugušena.
Unatoč svim ovim preprekama, Drake je uspio dovršiti svoje putovanje oko svijeta. Bio je vješt navigator i odvažan istraživač, a smatra se jednim od najvećih moreplovaca u povijesti.