Jedna od teorija je da su balalajku izmislili sami Rusi. To se temelji na činjenici da je balalajka tradicionalni ruski instrument, a postoje dokazi o njenom postojanju u Rusiji još u 17. stoljeću.
Druga teorija je da je balalajku izumila grupa ruskih glazbenika poznatih kao guslari. Guslari su bili putujući glazbenici koji su svirali na raznim žičanim instrumentima, uključujući i balalajku. Vjeruje se da su oni proširili znanje balalajke po cijeloj Rusiji.
Konačno, neki ljudi vjeruju da je balalajku možda izumio čovjek po imenu Vasilij Andrejev. Andrejev je bio ruski glazbenik i skladatelj koji je živio krajem 19. i početkom 20. stoljeća. Zaslužan je za popularizaciju balalajke i njezino privlačenje pozornosti svijeta.
U konačnici, pravi izumitelj balalajke možda nikada neće biti poznat. Međutim, instrument ima dugu i bogatu povijest, a i dalje ga sviraju glazbenici diljem svijeta.