Također postoje ograničenja u broju određenih karata koje možete imati u špilu:
* Glavni špil: Možete imati samo 3 kopije bilo koje kartice u vašem glavnom špilu, osim za osnovna čudovišta koja nemaju ograničenja (poput "Elemental HERO Shadow Mist").
* Dodatni špil: Broj dodatnih špila karata koje možete imati ovisi o formatu. Na primjer, u formatu "Master Duel" možete imati 15 karata in your Extra Deck, while the "TCG" format allows for 15 cards u dodatnom špilu.
Zapamtite da ne možete imati više od jedne kopije karte u dodatnom špilu.