Mewtwo se može pronaći samo u dubinama Cerulean Cave. Mewtwo je nevjerojatno teško pobijediti ako nisi dobro pripremljen. Prvo provjerite jeste li uhvatili najmanje 40 Pokemona prije ulaska u špilju. Trebat će vam više jakih Pokemona visoke razine da pobijedite razne Pokemone unutar špilje. Također, svakako se opskrbite obiljem Hyper i Max napitaka.
Da biste došli do špilje Cerulean, prvo posjetite Pokemon centar na cesti 24 točno iznad Fuchsia Cityja. Razgovarajte sa ženom koja sjedi za stolom s vaše desne strane čim uđete i ona će vas pitati želite li pogledati dijaprojekciju o špiljama. Odgovorite "da" i ona će vam pokazati nekoliko slajdova. Nakon dijaprojekcije, ona će vam dati plan grada koji prikazuje lokaciju Cerulean Cave. Uzmite ovu kartu i pokažite je policajcu lijevo od sredine. Nakon što mu pokaže svoju kartu, policajac će vas pustiti. Idite do ceste 25, koja je ulaz iznad ceste 24.
Surfajte po vodi i doći ćete do malog otoka s drugim časnikom koji sjedi s lijeve strane. Neće vas pustiti da prođete dok ne zaradite osam znački u teretani. Nakon dobivanja 8. značke teretane, vratite se na cestu 25. Policajac će se pomaknuti i sada možete nastaviti do Cerulean Cave.
Prije ulaska u špilju Cerulean, pripremite svoj tim. Provjerite imate li Pokemona koji zna surfati i Pokemona koji može naučiti Flash (kao što je Magnezone). Kada ste spremni, uđite u špilju Cerulean i upotrijebite Flash. Počni trčati naprijed duž staze izbjegavajući divlje Pokemone koji se povremeno pojavljuju. Nastavite dok ne dođete do jezera; koristite surfanje da pređete ribnjak i sletite uz obalu s druge strane.
Nastavite ovom stazom dok ne dođete do račvanja. Krenite lijevom stazom i hodajte dalje dok ne naiđete na drugo račvanje s dvije staze. Krenite desnom stazom i nastavite dok ne dođete do drugog jezerca. Surfajte ribnjakom i sletite na obalu s druge strane. Čim se iskrcate, pogledajte dolje i vidjet ćete Mewtwo u jami pod svojim nogama. Ako želite uhvatiti Mewtwoa, smanjite mu HP bez da ga porazite. Kada je njegovo zdravlje dovoljno nisko, bacite Ultra ili bolju loptu da ga uhvatite.
Ako pobijediš Mewtwoa, nestat će zauvijek. Mewtwo se neće ponovno pojaviti u Ceruleanskoj špilji niti ga možete pronaći negdje drugdje.