1. Sakupite sedam smaragda kaosa: Oni su razasuti po razinama igre i svi su vam potrebni da dođete do konačne bitke.
2. Suočite se s Dark Gaiom na kraju igre: Nakon što sakupite svih sedam Chaos Emeralds, suočit ćete se s Dark Gaiom u njenom pravom obliku, masivnom, višeglavom zvijeri.
3. Upotrijebite moć smaragda kaosa: Upotrijebit ćete združenu moć smaragda da pročistite Dark Gaiu. To uključuje korištenje forme "Super Sonic", koja se otključava prikupljanjem svih sedam smaragda kaosa.
4. Izvršite pročišćavanje: Dok ste u Super Sonic formi, oslobodit ćete snažan napad na Dark Gaiu. Ovaj napad ne ubija Dark Gaiu, već je pročišćava, vraćajući svijetu ravnotežu i vraćajući ga u izvorni oblik.
Priča igre fokusirana je na ideju restauracije a ne izravno ubijanje. Dark Gaia, iako destruktivna, u konačnici je dio svjetske ravnoteže, a cilj je vratiti je na mjesto koje joj pripada.