Iako je Master Ball glavni dio većine Pokemon igara, nema ga u Pokemon Colosseumu i njegovom nastavku, Pokemon XD:Gale of Darkness. Ova je odluka vjerojatno donesena kako bi se naglasila usredotočenost igre na hvatanje Pokemona korištenjem "Snap" sustava, koji uključuje slabljenje Pokemonove odlučnosti, a ne njihovo jednostavno nokautiranje.
Nedostatak Master Ball-a u Colosseumu i XD-u dodaje jedinstveni izazov igri i potiče igrače da savladaju umijeće hvatanja Pokemona bez pomoći ovog nadmoćnog predmeta.