U igrici birate svog početnog Pokémona među tri:
* Chimchar (vatra)
* Turtwig (trava)
* Piplup (voda)
Igra vam ne dopušta da odaberete druge Pokémone, uključujući Totodilea, kao svog početnog partnera.
Međutim, postoje načini za susret i interakciju s Totodileom u igri:
* Zapošljavanje: Možete susresti Totodilea tijekom svojih avantura i potencijalno ga regrutirati u svoj tim, baš kao i bilo koji drugi Pokémon.
* Trgovanje: Možete trgovati Pokémonima s drugim igračima online ili putem lokalne bežične veze, što vam može omogućiti da dobijete Totodilea.
* Posebni događaji: Mogu postojati vremenski ograničeni događaji ili sadržaj za preuzimanje koji predstavlja nove Pokémone, uključujući Totodilea.
Da biste igrali kao Totodile, morali biste potražiti druge igre Pokémon Mystery Dungeon ili sadržaj koji su napravili obožavatelji.