Priča igre vrti se oko "Eggman Empire," skupina robota i čudovišta kojima upravlja dr. Eggman. Ovo se carstvo sastoji od raznih "Eggman miljenika", svaki s jedinstvenim sposobnostima i izgledom.
Dok su neki od ovih podanika, poput "Piješka u jajetu" i "Jaje stršljena," poznati, drugi su tajanstveniji. Ona koja se najčešće nazivaju "tajanstvenim čudovištima" uključuju:
* "Jaje Cerber": Troglavi robot poput psa sa snažnom bušilicom.
* "Egg Golem": Masivan robot koji se sporo kreće s velikim čekićem.
* "Kralj jaja": Divovski robot nalik prijestolju sa snažnim laserima.
Ovo je samo nekoliko primjera, a mnogi drugi jedinstveni i neimenovani roboti i čudovišta pojavljuju se tijekom igre, dodajući misteriju i intrigu.
Dakle, iako ne postoji niti jedno "tajanstveno čudovište", kolektivna prisutnost ovih jedinstvenih i intrigantnih likova doprinosi zadivljujućoj i tajanstvenoj atmosferi Sonic Heroesa.