Tehnički problemi:
* Loše optimizirano: Igra je bila prožeta padom broja sličica u sekundi, greškama i usporavanjem, osobito na PlayStationu 3. Zbog toga je čak i osnovno igranje izgledalo nezgrapno i frustrirajuće.
* Dizajn razine: Mnoge razine bile su ponavljajuće, neinspirirane i zbunjujuće. Kutovi kamere često su otežavali igranje, što je otežavalo navigaciju.
* Bugovi: Sonic 06 bio je mučen brojnim bugovima, od neprijatelja koji prolaze kroz zidove do modela likova koji kližu kroz okolinu. To je stvorilo nevjerojatno nestabilno i slomljeno iskustvo.
Problemi s igranjem:
* Kontrole koje ne reagiraju: Sonic, Shadow i Silver činili su se neugodnim za upravljanje, s nedosljednom fizikom i skliskim kretanjem.
* Dizajn razine: Razinama je često nedostajalo raznolikosti, s ponavljajućim okruženjima i nenadahnutim trikovima. To je dovelo do monotonog i nezanimljivog iskustva.
* Teške borbe s šefovima: Mnoge bitke sa šefovima bile su frustrirajuće nepoštene, s nejasnim obrascima napada i jeftinim taktikama.
Problemi s pričom:
* Zbunjujuće i zamršeno: Priča je bila zamršena zbrka, sa zbunjujućim točkama zapleta, nedosljednim motivima likova i besmislenim završetkom.
* Slab razvoj karaktera: Likovi, posebno Shadow i Silver, bili su loše napisani i nedostajalo im je dubine. Njihove interakcije bile su usiljene i bez emocionalne težine.
* Prisiljena romansa: Uvođenje Elise, ljudske princeze, bilo je uznemirujući dodatak Sonic svemiru i činilo se isforsiranim i nepotrebnim.
Ostali čimbenici:
* Užurbani razvoj: Igra je požurivana kako bi se ispunio praznični rok, što je rezultiralo nedovršenim proizvodom.
* Loš marketing: Sonic 06 bio je jako reklamiran prije izlaska, što je u konačnici dovelo do razočaranja među obožavateljima zbog loše kvalitete igre.
Sve u svemu, Sonic 06 nije uspio ispuniti svoje obećanje o svježem i inovativnom iskustvu sa Sonikom. Tehnički problemi, nedostaci igranja i zamršena priča stvorili su frustrirajuću i razočaravajuću igru koja se općenito smatra niskom točkom franšize.
Važno je napomenuti da neki obožavatelji mogu imati drugačije mišljenje o igri i možda pronaći uživanje u njezinim nedostacima. Međutim, njegov sveukupni prijem i kritike izrazito su negativni.