* 1567: Nakon smrti svog supruga, lorda Darnleya, i njezine udaje za grofa od Bothwella, Mary je bila prisiljena odreći se škotskog prijestolja i zatočena u dvorcu Lochleven .
* 1568: Pobjegla je iz dvorca Lochleven, ali je poražena u bitci kod Langsidea i pobjegla je u Englesku, gdje je bila zatvorena do kraja života. U početku je držana u dvorcu Carlisle.
* 1568-1572: Premještena je u dvorac Bolton, a zatim u dvorac Sheffield.
* 1572-1587: Mary je premještena u dvorac Tutbury, dvorac Wingfield, Coventry, kuću Chatsworth i na kraju u dvorac Fotheringhay, gdje joj je suđeno i pogubljena 1587.
Važno je napomenuti da nije uvijek držana u teškim uvjetima. Neki od njezinih zatvora bili su ugodniji od drugih, ovisno o mjestu i političkoj klimi. Međutim, uvijek je bila pod strogom stražom i nikada se više nije vratila na slobodu.