Priča filma fokusirana je na otkriće Kovčega, skrivenog svemirskog broda koji sadrži moćno oružje, i bitku protiv Deceptikona koja je uslijedila. Ljudski likovi uglavnom su fokusirani na Sama Witwickyja (Shia LaBeouf) i njegovu novu djevojku Carly Spencer (Rosie Huntington-Whiteley).
Iako službeni razlog odsutnosti Megan Fox nije javno naveden, uvriježeno je mišljenje da je do njezina odlaska došlo zbog kreativnih razlika s redateljem Michaelom Bayem. Navodno je bilo napetosti između Foxa i Baya tijekom produkcije filma Transformers:Revenge of the Fallen (2009).
Unatoč njezinoj odsutnosti, Mikaelina sudbina nije eksplicitno obrađena u filmu. Implicira se da su se ona i Sam razišli.