Međutim, neke je Pokémone teže pronaći ili zahtijevaju posebne uvjete, što ih čini težim za dobivanje. Evo nekoliko primjera:
* Legendarni Pokémon: Rayquaza je glavni fokus priče i jedini je legendarni Pokémon dostupan u igri. Iako tehnički nije "rijedak" u smislu da se može nabaviti, svakako ga je izazov uhvatiti.
* Pokémon iz sjene: Ovo su posebne verzije postojećih Pokémona s jedinstvenim sposobnostima i izgledom. Neki Pokémoni u sjeni, kao što su Shadow Lugia ili Shadow Mewtwo, dostupni su samo kroz određene događaje ili putem trgovine.
* Pokémoni koji zahtijevaju posebne uvjete: Određeni Pokémoni, poput Eeveelutionsa, mogu se pojaviti samo pod određenim okolnostima, primjerice u određeno doba dana ili na određenim lokacijama.
U konačnici, "rijetkost" Pokémona u XD:Gale of Darkness ovisi o vašoj definiciji i onome što smatrate izazovnim za dobivanje.