Arsenal Gear je masivna podmornica naoružana nuklearnim oružjem. Kontrolira ga Solidus Snake, vođa terorističke organizacije Sons of Liberty. Raiden, lik igrača, mora se infiltrirati u Arsenal Gear i spriječiti Solidusa da koristi nuklearno oružje.
Bitka sa Solidusom je uzbudljiva i izazovna borba. Solidus je moćan protivnik i koristi različita oružja i tehnike kako bi porazio Raidena. Raiden mora upotrijebiti sve svoje vještine i sposobnosti kako bi porazio Solidusa i spasio svijet.
Uništenje Arsenal Geara i konačna bitka sa Solidus Snakeom nezaboravan je trenutak jer je to prekretnica u igri. To je točka u kojoj Raiden konačno pobjeđuje svoje neprijatelje i spašava svijet. To je također trenutak velike katarze, jer se Raiden konačno osvećuje za smrt svojih roditelja.