Postoji 25 različitih priroda u igri, svaka sa svojim pozitivnim i negativnim učincima na određene statistike. Na primjer, Pokémon s izdržljivom prirodom nema podešavanja statistike, dok onaj s veselom prirodom ima povećanje brzine i smanjenje posebnog napada.
Razumijevanje i upravljanje Naturesima ključno je za izgradnju učinkovitog Pokémon tima, budući da oni mogu utjecati na sveukupne snage i slabosti Pokémona. Igrači se mogu susresti i regrutirati Pokémone s određenim prirodama dok istražuju tamnice ili korištenjem značajke Wonder Mail za povezivanje s drugim igračima.