Međutim, važno je razumjeti da čak i najbriljantniji umjetnici imaju svoja ograničenja i izazove. Neki aspekti koji bi se mogli smatrati "neuspjesima" ili slabostima u Rafaelovu radu, iako o njima često raspravljaju povjesničari umjetnosti, uključuju:
* Ograničen fokus na emocije i realizam: U usporedbi s Michelangelom, Rafaelovim figurama često nedostaje emocionalna dubina i psihološka složenost koje karakteriziraju djela firentinskog majstora. Neki kritičari sugeriraju da je Raphael dao prednost idealiziranoj ljepoti i harmoniji nad emocionalnim realizmom.
* Oslanjanje na pomoćnike: Raphaelov studio bio je poznat po velikom timu asistenata, a neki kritičari tvrde da je to dovelo do nedosljednosti u njegovom radu, osobito u kasnijim godinama. Dok su Rafaelov nadzor i vodstvo bili očiti, raspravlja se je li cjelokupna umjetnička vizija uvijek bila njegova vlastita.
* Kontroverza "Transfiguracija": Raphaelovu posljednju sliku, "Preobraženje", posthumno je dovršio njegov studio. Dok se kompozicija i koncept pripisuju Rafaelu, vjeruje se da je u izvršenju sudjelovalo više ruku. To je dovelo do rasprave o tome u kojoj mjeri konačno djelo odražava Rafaelove prave namjere.
Važno je upamtiti da ti aspekti nisu neuspjesi u smislu umjetničke nekompetentnosti. Radije su to ograničenja ili područja gdje se Raphaelov umjetnički pristup razlikovao od pristupa njegovih suvremenika ili gdje su izazovi njegova vremena utjecali na njegov rad.
Plodonosnije je cijeniti Raphaelove trijumfe, njegovu nevjerojatnu sposobnost da uhvati ljepotu, gracioznost i sklad u svom djelu, te njegov trajan utjecaj na povijest umjetnosti. Njegovo je nasljeđe izvanredne vještine, umjetničkog sjaja i trajnog utjecaja.