- Njegove eksperimentalne metode nisu uvijek bile rigorozne. Ponekad se oslanjao na anegdotske dokaze i nije uvijek kontrolirao varijable. To je dovelo do toga da su neki od njegovih zaključaka bili netočni.
- Ponekad je bio prebrz u generaliziranju svojih eksperimenata. Često bi davao opsežne izjave na temelju ograničenog broja zapažanja. To je dovelo do toga da su neke njegove teorije previše pojednostavljene.
- Nije uvijek bio otvoren za nove ideje. Ponekad je bio otporan na nove teorije koje su proturječile njegovima. To ga je spriječilo u nekim važnim otkrićima.
Unatoč tim slabostima, Robert Boyle bio je briljantan znanstvenik koji je dao značajan doprinos znanosti. Njegov rad pomogao je postaviti temelje za modernu kemiju i fiziku.