- Moral i korisnost (1891.):U ovoj knjizi Thomson tvrdi da se moral temelji na korisnosti ili načelu maksimiziranja sreće i minimiziranja boli. To stajalište brani od raznih kritika, uključujući optužbe da vodi u egoizam i da ne može objasniti moralni značaj pojedinih postupaka.
- Utilitaristička teorija prava (1893):U ovom djelu Thomson primjenjuje načelo korisnosti na filozofiju prava. Tvrdi da zakon treba biti osmišljen tako da promiče najveću sreću što većeg broja ljudi, te da se to načelo treba koristiti za tumačenje i ocjenu pravnih pravila i odluka.
- Politička etika (1895.):U ovoj knjizi Thomson raspravlja o etičkim temeljima političkih institucija. On tvrdi da je država opravdana kao sredstvo promicanja ljudskog blagostanja, te da je najbolji oblik vladavine onaj koji najučinkovitije postiže taj cilj.
- Problem zla (1910.):U ovom djelu Thomson se bavi pitanjem zašto postoji zlo u svijetu ako Bog postoji. On tvrdi da zlo nije u suprotnosti s postojanjem dobronamjernog Boga i da se može objasniti načelom slobodne volje i ograničenom prirodom ljudskih bića.
- Povijest antičke filozofije (1921.):Ova knjiga pruža opsežan pregled povijesti filozofije od starih Grka do srednjovjekovnog razdoblja. Thomson raspravlja o glavnim filozofima i filozofskim pokretima ovog razdoblja i analizira njihove doprinose filozofiji.
Ovo su samo neka od djela koje je napisao Francis Paul Thompson. Bio je plodan pisac i njegova su djela imala značajan utjecaj na razvoj moralne i političke filozofije.