Godine 1989. Christian Brando ušao je na sud u Los Angelesu kako bi se suočio s optužbom za ubojstvo. Suđeno mu je i osuđen je za premlaćivanje Daga Drolleta na smrt 1990. godine i osuđen je na 10 godina zatvora. Drollet je bio dečko Brandove polusestre Cheyenne.
Nakon presude za ubojstvo, Brandov život nastavio je vrtjeti prema dolje u zlouporabu droga i samouništenje. Ostao je u zatvoru do 1996. kada je prijevremeno pušten nakon što je odslužio manje od polovice kazne od 10 godina.
U siječnju 2005. Brando je ponovno uhićen, ovaj put zbog navodne krađe 2 milijuna dolara vrijednog nakita od vlastite majke. Optužbe protiv njega kasnije su odbačene.
Krajem 2006. Christian Brando je hospitaliziran nakon što je pretrpio infekciju pluća. Nakon toga mu je dijagnosticirana upala pluća i prebačen je u Medicinski centar UCLA u Los Angelesu, Kalifornija.
Christian Brando preminuo je 26. siječnja 2008. u medicinskom centru UCLA u dobi od 49 godina. Uzrok smrti bila je upala pluća i komplikacije uzrokovane zatajenjem jetre.
Brandova smrt u dobi od 49 godina označila je tužan i tragičan kraj života koji je mogao biti ispunjen s toliko obećanja i potencijala. Umjesto toga, bio je to život tragično prekinut ovisnošću i nasiljem.