* Dvojnost ljudske prirode: Ovo je najistaknutija tema. Roman istražuje inherentni sukob između dobra i zla u svakom pojedincu. Jekyll predstavlja uglednu, dobronamjernu stranu ljudske prirode, dok Hyde utjelovljuje mračne, iskonske porive koji vrebaju ispod površine.
* Opasnosti potiskivanja vlastite prave prirode: Pokušavajući potisnuti svoje mračnije porive, Jekyll ih konačno oslobađa u obliku Hydea. Priča sugerira da poricanje ili potiskivanje dijelova sebe može biti destruktivno.
* Moć znanosti i njezin potencijal za zlouporabu: Jekyllovi eksperimenti s pretvaranjem u Hydea predstavljaju oholost znanosti, ideju da se ljudska bića mogu igrati Boga i petljati s prirodom. Priča upozorava na nekontroliranu potragu za znanjem i njegove potencijalno štetne posljedice.
* Posljedice grijeha i iskupljenje: Hydeovi postupci predstavljaju posljedice prepuštanja zlim željama. Priča također istražuje mogućnost iskupljenja, dok se Jekyll pokušava iskupiti za svoje postupke i na kraju se suočava s posljedicama svojih izbora.
* Priroda identiteta: Jekyllova transformacija u Hydea postavlja pitanja o prirodi identiteta. Je li identitet fiksan ili fluidan? Može li se netko uistinu odvojiti od tamnijih aspekata svoje osobnosti?
* Društveno licemjerje i viktorijanski moral: Roman kritizira kruti moralni kodeks viktorijanskog društva i licemjerje koje je često u njegovoj osnovi. Jekyllova transformacija u Hydea razotkriva mračne podzemne struje koje postoje ispod površine naizgled uglednog društva.
Ovo su samo neke od glavnih tema istraženih u "Dr. Jekyll i Mr. Hyde." Roman nastavlja odjekivati kod čitatelja jer se bavi bezvremenskim pitanjima o ljudskoj prirodi, moralu i složenom odnosu između dobra i zla.