Glavni antagonisti:
* Magneto: Najpoznatiji negativac X-Mena, Magneto je moćni mutant sa sposobnošću manipuliranja magnetizmom. On vjeruje da su mutanti superiorniji od ljudi i da bi trebali vladati svijetom, što se često kosi sa snom profesora X o mirnom suživotu.
* Apokalipsa: Moćan, drevni mutant sa sposobnošću apsorbiranja moći drugih, Apocalypse nastoji očistiti svijet i stvoriti novi poredak sa sobom kao njegovim vladarom.
* Sabljozub: Divlji i brutalni mutant s pojačanim osjetilima, nadljudskom snagom i regenerativnim sposobnostima, Sabertooth je neumoljivi grabežljivac i Wolverineov zakleti neprijatelj.
* Mystique: Majstorica mijenjanja oblika i prijevare, Mystique je vješt špijun i ubojica koji često djeluje u sjeni. Ona ima složen odnos s X-Menima, ponekad se ponaša kao saveznik, a ponekad kao nemilosrdni neprijatelj.
* Bratstvo mutanata: Grupa mutanata predvođena Magnetom koji vjeruje da su ljudi neprijatelji i da mutanti moraju vladati. Ova grupa uključuje brojne članove tijekom godina, uključujući Toad, Pyro i Blob.
Drugi značajni protivnici:
* G. Sinister: Briljantan, ali nemilosrdan genetičar opsjednut manipuliranjem evolucije mutanata.
* Juggernaut: Nezaustavljiva sila prirode s ogromnom snagom i neranjivošću.
* The Sentinels: Snažni roboti dizajnirani za lov i uništavanje mutanata.
* Klub Hellfire: Ekskluzivna i moćna organizacija koja nastoji kontrolirati moći mutanata za svoje ciljeve.
* William Stryker: Vojni vođa koji vjeruje da su mutanti prijetnja čovječanstvu i nastoji ih eliminirati.
Organizacije:
* AIM (Napredna mehanika ideja): Znanstvena organizacija koja se često bavi opasnom tehnologijom i koja se u nekoliko navrata sukobila s X-Menima.
* Hidra: Globalna teroristička organizacija s poviješću pokušaja kontroliranja mutantskih sila.
* Pročišćivači: Fanatična skupina ljudi koji vjeruju da su mutanti pošast svijeta.
Važno je napomenuti da su se X-Men suočavali s mnogim drugim protivnicima kroz svoju dugu povijest, ali ovo su neki od najznačajnijih neprijatelja koji se stalno ponavljaju. Neprijatelji X-Mena odražavaju složene teme predrasuda, straha i borbe za jednakost koje su protkane kroz franšizu.