1. Super Junior-K.R.Y.:Ova podjedinica se sastoji od tri člana - Kyuhyun, Ryeowook i Yesung. Poznati su po svojim dubokim baladama i moćnim vokalima.
2. Super Junior-T:Ova podgrupa promovira na Tajlandu i sastoji se od članova Leeteuk, Heechul, Shindong, Sungmin i Eunhyuk. Izvode pjesme na tajlandskom i korejskom jeziku.
3. Super Junior-M:Ova podjedinica prvenstveno je aktivna u Kini i sastoji se od članova Hangeng (bivši član), Siwon, Donghae, Ryeowook, Kyuhyun i Zhou Mi. Izvode pjesme na mandarinskom kineskom.
4. Super Junior-H:Ova podjedinica je poznata po svojoj kas glazbi. Sastoji se od članova Leeteuk, Yesung, Kangin, Shindong, Sungmin i Eunhyuk. Trot je tradicionalni korejski glazbeni žanr karakteriziran brzim tempom i optimističnim ritmovima.
5. Super Junior-D&E:Ovaj duo čine članovi Donghae i Eunhyuk. Poznati su po zaraznoj elektronskoj plesnoj glazbi i energičnim nastupima.
6. Super Junior-Happy:Ovu podjedinicu karakterizira svijetla i vesela glazba. Sastoji se od članova Yesung, Shindong, Sungmin i Leeteuk.
Ove podgrupe omogućuju Super Junioru da istražuje različite glazbene stilove i koncepte dok prikazuje talente i snage različitih članova.