Tijekom rata, Yahiko, Nagato i Konan svjedočili su strahotama rata i odlučili da će jednog dana stvoriti svijet bez rata i boli. Osnovali su Akatsuki, organizaciju posvećenu postizanju mira svim potrebnim sredstvima.
U početku je Akatsuki bila mala organizacija koja se usredotočila na pomoć malim selima i zemljama koje su bile pogođene ratom. Međutim, kako je organizacija rasla u moći i utjecaju, počela je privlačiti pozornost većih shinobi sela. Sela su Akatsukija počela doživljavati kao prijetnju i počela su poduzimati mjere protiv te organizacije.
Kao rezultat pritiska iz sela, Akatsuki se počeo mijenjati. Postala je više militarizirana i počela se fokusirati na stjecanje moći, a ne na postizanje mira. Organizacija je počela vrbovati kriminalce ranga S i postajala je sve nemilosrdnija u svojim metodama.
Na kraju su Akatsuki porazili Naruto Uzumaki i njegovi prijatelji, a njegovi su se članovi raspršili po cijelom svijetu. Međutim, nasljeđe Akatsukija nastavlja živjeti i ostaje simbol opasnosti od ekstremizma.