* Nevinost i neznanje: Brunova naivnost ključna je za roman. On ne razumije pravu prirodu koncentracijskog logora niti opasnost koju on predstavlja. Ova nevinost naglašava oštri kontrast između Brunovog svijeta i stvarnosti holokausta.
* Prijateljstvo i povezanost: Brunovo prijateljstvo sa Shmuelom, dječakom s druge strane ograde, nadilazi barijere predrasuda i straha. Njihov odnos pokazuje snagu ljudske povezanosti u suočavanju s nedaćama.
* Opasnosti slijepe poslušnosti: Brunov otac, visoki nacistički časnik, predstavlja opasnosti bespogovorne poslušnosti autoritetu. On je suučesnik u užasima holokausta, iako ne shvaća u potpunosti njihovu veličinu.
* Priroda predrasuda i diskriminacije: Roman razotkriva razorne posljedice predrasuda i diskriminacije. Brunov početni strah od "ljudi u prugastim pidžamama" proizlazi iz propagande i dezinformacija kojima je bio izložen.
* Moć empatije i suosjećanja: Unatoč početnom strahu i neznanju, Bruno razvije empatiju prema Shmuelu i drugim zatvorenicima. Ova empatija dovodi u pitanje dehumanizirajuće ideologije nacističkog režima.
* Gubitak djetinjstva: Brunov gubitak nevinosti i trauma koju doživljava predstavljaju gubitak djetinjstva koje su bezbrojna djeca pretrpjela tijekom holokausta.
* Utjecaj holokausta na obitelji: Roman naglašava razoran utjecaj holokausta na obitelji, kako židovske tako i nežidovske. Brunovu obitelj razdire rat, a Shmuelovu obitelj uništava nacistički režim.
"Dječak u prugastoj pidžami" koristi Brunovu nevinu perspektivu da razotkrije mračnu stvarnost holokausta i postavi važna pitanja o ljudskoj prirodi, predrasudama i snazi empatije i suosjećanja.