Kovčeg se smatra najsvetijom relikvijom Izraelaca i čuvao se u Svetinji nad svetinjama, najskrivenijem svetištu Šatora. Prema Knjizi izlaska, Kovčeg je bio izgrađen od bagremovog drveta i obložen čistim zlatom iznutra i izvana. Oko gornjeg ruba imao je zlatnu krunu i četiri zlatna prstena na četiri ugla. Dvije pozlaćene drvene motke bile su provučene kroz prstenove s jedne strane i korištene za nošenje Kovčega. Kovčeg je također imao prijestolje milosti, ili poklopac, izrađen od čistog zlata, koji je imao dva isklesana zlatna kerubina okrenuta jedan prema drugome s dodirujućim krilima i zasjenjujući prijestolje milosti.
Kovčeg je odigrao presudnu ulogu u putovanju Izraelaca kroz pustinju. Vjerovalo se da je to prebivalište Boga na Zemlji i pratilo je Izraelce tijekom njihovih lutanja. Kad god bi postavljali logor, Kovčeg bi stavljali u Svetohranište, a kad bi krenuli dalje, svećenici bi nosili Kovčeg, prekriven platnom, na čelu procesije.
Prisutnost Kovčega donijela je posebnu naklonost i zaštitu Izraelcima. Kad god bi Kovčeg bio nošen u bitku, Izraelci bi porazili svoje neprijatelje. Međutim, kada su Kovčeg zarobili Filistejci, pogodile su ih kuge i Kovčeg je morao biti vraćen. Kovčeg je kasnije izgubljen tijekom pljačkanja Jeruzalema od strane Nebukadnezara 587. pr. Kr. i od tada nije viđen.
Gdje se nalazi Izgubljeni kovčeg stoljećima je predmet nagađanja i fascinacije. Bilo je brojnih pokušaja da se Kovčeg pronađe, ali nijedan nije bio uspješan. Neki vjeruju da je Kovčeg uništen, dok drugi nagađaju da bi mogao biti skriven u pećinama ili podzemnim odajama u Jeruzalemu ili drugdje. Nestanak Kovčega također je doveo do brojnih legendi, priča, pa čak i holivudskih filmova.