U romanu, Fantom je deformirani čovjek koji nosi masku kako bi sakrio svoje lice. Živi u katakombama ispod operne kuće i koristi svoj glazbeni genij za kontrolu opernih pjevača i scenskih radnika. Fantom se zaljubljuje u mladu sopranisticu po imenu Christine Daaé i postaje opsjednut njome. On je otme i odvede u svoju jazbinu u katakombama. Christine na kraju bježi od Fantoma koji nestaje u noći.
Sudbina Fantoma u romanu je dvosmislena. U izvornoj francuskoj verziji romana, kaže se da se Fantom objesio u katakombama. Međutim, u engleskom prijevodu kaže se da je Fantom nestao u pariškoj kanalizaciji.