Povijesne netočnosti: Kritičari tvrde da knjiga i film predstavljaju brojne povijesne netočnosti i pretjerana pojednostavljivanja holokausta. Neki vjeruju da umanjuje užase i složenost holokausta predstavljanjem čistog i emocionalno manipulativnog prikaza događaja.
Nedostatak konteksta: Priči nedostaje dovoljno povijesnog konteksta da pomogne čitateljima ili gledateljima da u potpunosti razumiju šire povijesne i političke okolnosti koje su dovele do holokausta. Ovaj propust kritiziran je zbog potencijalnog obmanjivanja publike o pravoj prirodi i razmjerima genocida.
Stereotipni prikazi: Kritičari su tvrdili da se film posebno oslanja na stereotipne prikaze nacista kao jednodimenzionalnih zlikovaca, što umanjuje nijansirano razumijevanje složenih motivacija i postupaka stvarnih povijesnih osoba.
Emocionalna manipulacija: Neki kritičari tvrde da film namjerno manipulira emocijama publike fokusirajući se na prijateljstvo između Bruna, sina zapovjednika logora, i Shmuela, židovskog dječaka zatočenog u koncentracijskom logoru. Oni tvrde da ovaj sentimentalizirani pristup trivijalizira ogromnu patnju i gubitak koji su doživjeli milijuni žrtava tijekom holokausta.
Nedostatak agencije za židovske likove: Kritičari tvrde da se film i knjiga prvenstveno fokusiraju na perspektive Bruna i njegove obitelji, dok su židovski likovi često potisnuti u sporedne uloge bez puno dubine ili djelovanja. Ova kritika naglašava potrebu za autentičnijim i inkluzivnijim prikazima židovskih iskustava tijekom holokausta.
Pretjerano pojednostavljivanje holokausta: Kritičari tvrde da središnja premisa priče, koja uključuje dječaka koji se sprijatelji sa židovskim zatvorenikom, pojednostavljuje složenost holokausta i previđa sustavnu dehumanizaciju i istrebljenje milijuna ljudi.
Neprikladna publika: Neki kritičari tvrde da film i knjiga možda nisu prikladni za mlađu publiku zbog osjetljive i uznemirujuće prirode holokausta, sugerirajući da bi mogao potencijalno traumatizirati ili zbuniti djecu bez odgovarajućeg povijesnog konteksta i podrške.
Važno je napomenuti da ove kritike ne poništavaju nužno umjetničku vrijednost ili osobne reakcije na knjigu i film. Mnogi čitatelji i gledatelji smatraju da je "Dječak u prugastoj pidžami" snažna i dirljiva priča, dok drugi cijene njegove napore da podigne svijest o holokaustu. Međutim, kritike ističu važna razmatranja i rasprave o povijesnoj točnosti, predstavljanju i etičkoj odgovornosti pripovijedanja kada se govori o osjetljivim povijesnim događajima.