* The Short-Timers (1990) :Glumi lik po imenu "Kapetan" u ovoj crnoj komediji o skupini vojnika stacioniranih na Filipinima.
* Drakula Brama Stokera (1992.) :On igra ulogu Renfielda, mentalno poremećenog pacijenta grofa Drakule. Ovo je za njega bila istaknutija uloga.
* Balada o malom Jou (1993.) :On tumači misteriozni lik koji se zove "Propovjednik" u ovoj vestern drami.
* Tajanstveni ljudi (1999) :Ima epizodnu ulogu "Čistača" u ovoj komediji o superherojima.
* Velika riba (2003) :Glumi "The Witch" u fantastičnom filmu Tima Burtona.
Vrijedi napomenuti da je Tom Waits prije svega poznat po svojoj glazbenoj karijeri, a pojavio se tek u nekoliko filmova. Sklon je birati uloge koje su mračne, ekscentrične ili na neki drugi način nekonvencionalne.