* Verzija igre: Različite igre imaju različite šefove i krivulje težine.
* Razina vještine igrača: Vješt će igrač pronaći neke šefove lakše nego druge, bez obzira na opću težinu.
* Sastav tima: Snage i slabosti vašeg Pokemon tima drastično će utjecati na to kako ćete se snaći protiv određenih šefova.
Međutim, neki se šefovi stalno spominju kao posebno teški izazovi:
Iz glavne serije (Crveni, Plavi, Spasilački tim itd.):
* Darkai (Super tajanstvena tamnica): Poznat po svojim snažnim napadima mračnog tipa i sposobnosti manipuliranja bojnim poljem, Darkrai je ogroman izazov.
* Groudon/Kyogre (Istraživači vremena/tame/neba): Ovi legendarni Pokemoni moćni su u svojim vrstama i mogu biti porazni za nepripremljene timove.
* Mewtwo (Vrata beskonačnosti): Mewtwo je moćni Pokemon psihičkog tipa, poznat po velikoj snazi napada i sposobnosti učenja širokog raspona pokreta.
* Rayquaza (Super Mystery Dungeon): Moćni zmaj/leteći tip s visokim statistikama i pristupom štetnim potezima, Rayquaza je težak protivnik čak i za iskusne igrače.
* Giratina (Super tajanstvena tamnica): Ovaj legendarni Pokemon poznat je po svojim visokim statistikama i pristupu štetnim potezima, što ga čini izazovom za mnoge igrače.
Iz dodatnih igara (Mystery Dungeon:Rescue Team DX, itd.):
* Veliki kralj (Spasilački tim DX): Ovaj šef je divovska, višeglava zvijer sa snažnim napadima i ogromnim zdravstvenim fondom, što ga čini pravim testom izdržljivosti.
* The Darkness (Rescue Team DX): Ovo misteriozno, sjenovito biće je zastrašujući protivnik koji dovodi u pitanje igračevo razumijevanje mehanike igre i zahtijeva dobro pripremljen tim.
U konačnici, najteži šef za vas ovisit će o vašem individualnom iskustvu i stilu igre. Međutim, gore spomenuti šefovi općenito se smatraju jednima od najtežih u seriji, nudeći pravi izazov čak i iskusnim igračima Pokemon Mystery Dungeon.